第一回 NLR生物学ワークショップ実習用ページ
◆ゲノムアセンブル
初日に抽出し、二日目午前中にNanoporeシーケンサーで読んだロングリードのアセンブルを行います。
◆構造解析実習
AlphaFold3, ChimeraXを使って、構造解析を行います。実習で使用するソフトウェアを下記のリンクから取得できます。
- AlphaFold3へのリンク: AlphaFold3
- ChimeraXへのリンク: ChimeraX
- ChimeraXは左メニューのDownload → ChimeraX version 1.8からアカデミック版をダウンロード出来ます。
- Macの方はOther releasesから自分のOSに合ったものを選んでください。
また、講義資料、実習で使用する配列データ・構造データを下記のリンクから取得できます。
- NLR及びAVRのアミノ酸配列のFastaファイル: Pik_AVR_pep.fasta
- AlphaFold3で予測した構造データファイル: AF3_Pikp1_AVRPikC.cif, AF3_Pikp1_AVRPikD.cif
(※右クリックからリンク先を保存を選んでください。) - ChimeraXでの構造解析の見本例: Pikp1_AVR.cxs
- ChimeraXのコマンド集
- AlphaFold3実習の資料
